Esta pregunta es bastante frecuente, por lo que hemos escrito un artículo en el blog al respecto.
El Message-ID del email original se incluye en el encabezado In-Reply-To del email de respuesta. Así que puedes usar eso para rastrear a qué email concreto se respondió.
Mailgun incluirá automáticamente un Message-ID único, o puedes establecer el tuyo propio.